het syndroom van Heller is niet te genezen. Kinderen raken permanent gehandicapt en hebben intensieve zorg nodig. De behandeling bestaat uit een combinatie van therapie en medicatie. Door middel van therapie wordt geprobeerd kinderen weer taal bij te brengen en sociale vaardigheden op te bouwen. Door goed gedrag te belonen wordt kinderen extra te motiveren. Bijstand van ouders is hierbij van groot belang. Er zijn daarnaast geen medicijnen die specifiek voor deze aandoening ontwikkeld zijn. Wel wordt er veel gebruik gemaakt van anti-psychotica om de ernstige problemen zoals agressiviteit en dwangneuroses te bestrijden. Soms zijn ook medicijnen vereist om toevallen te voorkomen of te verminderen bijvoorbeeld bij epilepsie.